создана 31 марта 2009 г. в результате разделения Смоленской и Калининградской епархии на Смоленскую и Вяземскую епархию и К. и Б. е. Временно управление К. и Б. е. было оставлено за Патриархом Московским и всея Руси Кириллом (Гундяевым), викарию Калининградской епархии еп. Серафиму (Мелконяну) сохранен титул «Балтийский». Территория епархии совпадала с территорией Калининградской области. Кафедральный город - Калининград, кафедральные соборы - Христа Спасителя (Калининград), во имя св. кн. Александра Невского в Балтийске (с 2010 Патриаршее подворье). Епархия была разделена на 5 благочиний: Городское, Центральное, Приморское, Восточное, Неманское. К 1 дек. 2011 г. в К. и Б. е. имелось 73 прихода, 3 жен. мон-ря, 181 молитвенное здание (70 приходских храмов, 30 приписных церквей, 8 монастырских храмов, 41 домовый храм, 30 часовен, 2 молитвенных дома), строилось 51 молитвенное здание. В клире епархии состояли 75 священников и 13 диаконов.
21 окт. 2016 г. из состава Калининградской епархии была выделена самостоятельная Черняховская епархия, в результате чего в ведении Калининградской епархии остались Калининград; Ладушкинский, Мамоновский, Пионерский, Светловский, Янтарный городские округа, а также Багратионовский, Балтийский, Гурьевский, Зеленоградский, Озерский и Светлогорский районы Калининградской области. Одновременно Калининградская епархия была определена центром новоучрежденной Калининградской митрополии.
Решением Свящ. Синода от 21 окт. 2016 г. на Калининградскуюи Балтийскую кафедру назначен Серафим (Мелконян). 20 нояб. 2016 г. еп. Серафим за Божественной литургией в Храме Христа Спасителя в Москве Патриархом Кириллом возведен в сан архиепископа.
При ЕУ действуют отделы и службы: религ. образования и катехизации, по делам молодежи, миссионерский, по социальному служению, по взаимодействию с Вооруженными силами и правоохранительными учреждениями, по взаимодействию с Федеральной службой исполнения наказаний, по взаимодействию с казачеством, по имуществу, отдел коммуникаций, отдел культуры. Кафедральный собор Христа Спасителя издает ежемесячную газ. «Спас».
В Калининграде расположены правосл. образовательные и воспитательные учреждения: учебно-методический центр духовно-нравственного образования им. С. А. Рачинского, правосл. гимназия, гуманитарно-эстетическая прогимназия «Пересвет», правосл. детский сад. Действуют социальные учреждения: реабилитационная община св. Иоанна Русского для наркозависимых (пос. Холмогорье Правдинского р-на), жен. приют при приозерском во имя прмц. вел. кнг. Елисаветы Феодоровны жен. мон-ре. При 32 приходах К. и Б. е. открыты благотворительные столовые. При медицинских учреждениях в Калининградской обл. действуют 15 правосл. сестричеств.
Действующие мон-ри: во имя прмц. Елисаветы (жен., в пос. Приозёрье Славского р-на, основан в 2000 как подворье, в 2003 стал самостоятельным), в честь иконы Божией Матери «Державная» (жен., в пос. Изобильное Полесского р-на, община возникла в 1996, с 2009 мон-рь), калининградский во имя свт. Николая Чудотворца (жен., в Калининграде, основан в 1999).